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传统微生物学采用鉴别性培养条件，随后通过染色法，显微镜检查法，以及生物化学和/或免疫性测试法来鉴定一种微生物。虽然这种技术在多数情况下能获得令人满意的结果，但它需要花费很多人力和时间，并且有时候因为结果不明确而使检测存在疑问。此外，某些微生物 (如结核杆菌、退伍军人症菌、真菌和酵母) 或者是难于 (可能需要花费数周时间) 生长或者是难于鉴定或二者兼具。从这方面来看，在一个临床危机事件中或者在一次环境爆发中的确需要一种快速而灵敏的，不依赖于培养条件的检测方法。
相比较传统技术而言，微生物DNA指纹识别技术可提供一种客观而权威的对微生物的识别检查。此外，基因类型分析的结果在1-2天内即可获得而无需长时间的培养，杂乱的染色，复杂的测试或测试者的主观解释。作为一种彻底连贯的操作，对各菌种特异的前体及探针便于对病原微生物进行快速而准确的定量。这种方法对于细菌和真菌检测同样适用，并且在公共卫生和环境研究中比较实用。
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